В некоторых случаях протокол ЭКО может проводиться с использованием донорских эмбрионов.
Донорами эмбрионов по своему желанию могут стать пары, которые прошли через программы экстракорпорального оплодотворения и у которых после завершения цикла ЭКО и наступления беременности остались неиспользованные здоровые эмбрионы. Также донорские эмбрионы могут быть получены специально после оплодотворения донорских ооцитов донорской спермой.
Донорские эмбрионы используются при отсутствии ооцитов и сперматозоидов у будущих родителей, наличии генетических заболеваний, а также при неоднократных неудачных попытках ЭКО вследствие низкого качества полученных эмбрионов.